Với tư cách là cơ quan quản lý cao nhất của VinUni, Hội đồng trường chịu trách nhiệm đại diện cho lợi ích của các nhà tài trợ sáng lập và các bên liên quan bao gồm sinh viên, giảng viên và nhân viên, các cơ quan chính phủ và thành viên của cộng đồng Việt Nam và quốc tế. Sứ mệnh cao nhất của Hội đồng trường là cùng toàn tập thể phát triển VinUni thành đại học xuất sắc, đào tạo nhân tài cho tương lai.
Đội ngũ lãnh đạo của Đại học VinUni, đại diện cho lợi ích cao nhất của Nhà trường, bao gồm Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng, các Viện trưởng, phó Viện trưởng và Trưởng các Đơn vị hành chính. Cơ cấu tổ chức của Đại học VinUni dựa trên nguyên tắc quản trị hỗn hợp, trong đó hỗ trợ hành chính và vận hành là tập trung, và các đơn vị học thuật (trường và khoa) được phân cấp để thực hiện nhiệm vụ giáo dục và nghiên cứu của trường đại học.
Ban Cố vấn Học thuật (AAB) là cơ quan tư vấn chính về các vấn đề học thuật (giáo dục và nghiên cứu) và hỗ trợ đội ngũ lãnh đạo thực hiện sứ mệnh và các mục tiêu chính của mình hiệu quả hơn.
Quyền Hiệu trưởng Trường Đại học VinUni
Viện trưởng Viện Khoa học Sức khỏe
Phó Hiệu trưởng phụ trách Học thuật
Giảng viên, Viện Khoa học và Giáo dục khai phóng
Quyền phó hiệu trưởng phụ trách Nghiên cứu & Đổi mới sáng tạo
Viện trưởng Viện Kỹ thuật và Khoa học Máy tính
Phó Viện trưởng Thường trực,
Viện phó Giáo dục Y khoa
Phó Viện trưởng Viện Kỹ thuật và Khoa học Máy tính
Viện trưởng Viện Khoa học và Giáo dục Khai phóng
Quyền Viện trưởng viện Kinh doanh Quản trị
Giám đốc sáng lập của Viện Stanford về Đổi mới cho các nền kinh tế đang phát triển (SEED), đồng Giám đốc Chương trình Đổi mới chuỗi giá trị Stanford
Giám đốc Kế hoạch và Quản lý Đào tạo
Trưởng Phòng Quản Lý Nghiên cứu kiêm Giáo sư trợ lý chuyên ngành Khoa học Vật liệu
Giáo sư Khoa học Hành vi, Viện Khoa học Sức khỏe
Trợ lý giáo sư
Giảng viên, Viện Khoa học và Giáo dục Khai phóng
Phó hiệu trưởng kiêm Giám đốc Sức khỏe toàn cầu Trường Y Perelman, thuộc Đại học Pennsylvania
Phó Chủ tịch Trung tâm Học tập mở, Viện Công nghệ Massachusetts (MIT)
Phó hiệu trưởng phụ trách Nghiên cứu và Đổi mới sáng tạo tại Đại học Illinois tại Urbana-Champaign
Giám đốc Trung tâm Polymer và Chất rắn Hữu cơ (CPOS), Đại học California
Phó Hiệu trưởng về Hợp tác Quốc tế, Đại học Cornell